Cette chapelle exemptée, panthéon de Francisco de los Cobos, secrétaire universel de l'empereur Charles Quint, et son principal conseiller dans les affaires de finance impériale, est un chef d'œuvre de Diego de Siloé. Son projet architectural est sublimé par le symbolisme funéraire que renferme la rotonde évoquant le Saint-Sépulcre. Les plans de Siloé furent exécutés par Andrés de Valdelvira, à qui l'on doit entièrement la sacristie. Le résultat est une église qui est à la hauteur de la meilleure architecture italienne de la Renaissance.