Comme dans toutes les fondations, l'organe suprême de gouvernement, de représentation, d'administration et d'organisation du patrimoine de la Fondation est le Patronage, qui dans notre cas est composé d'un Président d'honneur, d'un Président, de trois membres représentant le Patronage royal du Musée du Prado et les Académies Royales des Beaux-Arts et de l'Histoire respectivement, d'un Conseil de Surveillance constitué de personnalités du monde de l'Église, de la culture et de l'entreprise, ainsi que du Collectif familial ayant voix pour tous les enfants et petits-enfants de la fondatrice.