La dévotion à ce thème de saint François d'Assise en prière a joui à Tolède d'une grande popularité entre le XVIe et le XVIIe siècle, et on a pu faire une catalogue d'une dizaine d'œuvres du Greco sur cette iconographie, parmi lesquelles celle que l'on conserve au Fine Arts Museum de San Francisco, peinte vers 1595, est considérée comme la matrice. La critique ne s'accorde pas sur la datation de ce tableau, qui oscille entre le début du XVIIe siècle et 1625. Pour certains il s'agit d'une œuvre d'atelier exécutée par Jorge Manuel alors qu'il séjournait à l'hôpital Tavera entre 1622 et 1625, pour d'autres, elle viendrait de la collection personnelle de Pedro Salazar de Mendoza, recteur de l'hôpital Tavera, et enfin certains auteurs voient dans le projet du retable de l'hôpital Tavera une iconographie de la pénitence avec laquelle on prétendrait revendiquer l'orthodoxie des thèses soutenues dans les Commentaires sur le catéchisme romain par l'archevêque de Tolède Bartolomé Carranza,
arrêté et mis en accusation par l'Inquisition en 1559, ce qui situerait cette œuvre dans le projet global que Pedro Salazar de Mendoza commanda au Greco en 1608, et que sa mort en 1614 laissa inachevé.
Bien que cette dernière thèse ait été très discutée en raison du fait que ces idées sur la crucifixion comme symbole d'extrême pénitence fussent répandues dans toute la ville de Tolède, il n'y a pas plus de doute, indépendamment de son rapport au catéchisme de Carranza, sur l'omniprésence du symbole de la croix, de la pénitence et du repentir dans les constitutions et dans les rites quotidiens de l'hôpital Tavera pour aider à bien mourir. Tous les lits de l'Hôpital avaient une croix au-dessus, et quand le patient était moribond, on lui mettait devant les yeux un autel portatif avec un crucifix et de l'eau bénite, et les chapelains se relayaient chaque heure pour le veiller jusqu'à sa mort en l'invitant au repentir. L'hôpital Tavera avait le rare privilège de pouvoir concéder l'indulgence plenière et la rémission de tous les péchés aux malades qui y mouraient à condition que le patient ait adopté une attitude de sincère pénitence.